En el modo de un solo jugador, la historia transcurre durante el año 1943 en la Alemania Nazi. El protagonista es el comando de la OSS (Office of Strategic Services) William Joseph "B.J." Blazkowicz, enviado junto a otro agente para investigar los rumores sobre un nuevo proyecto del Reichsführer Heinrich Himmler relacionado con la "Schutzstaffel Paranormal Division". Los agentes son capturados poco antes de completar su objetivo y encarcelados en el castillo de Wolfenstein. El compañero de Blazkowicz es interrogado, torturado y ejecutado por miembros de las SS. Por su parte, Blazkowicz logra escapar antes de que lo interroguen. A partir de aquí el jugador se pone en el pellejo del agente, debiendo evadirse de la fortaleza, continuar con la investigación y acabar con los planes de Hitler y sus seguidores, este juego es el puto ano con cebolla y si nunca lo has jugado ahora tienes la oportunidad, disfrutalo y partele el culo a Hilter.